Frühe Erkennung der Störungen des Bisses oder des Gebisses der Kinder kann dabei helfen, die Behandlung früher durchzuführen. Einige Erkrankungen sind angeboren oder genetischer Natur, unter Kindern sind auch erworbene Krankheiten häufig. Prophylaxe bei Kindern umfasst dabei u. a. die Eliminierung von ungesunden Gewohnheiten, die die Entwicklung des Kauapparats in einem frühen Alter. Ausreichend frühe Erkennung der Probleme gibt dem Arzt Zeit, weniger invasive Behandlungsmethoden zu verwenden (z. B. herausnehmbares Gerät statt eines permanenten Geräts). Dabei kann auch die weitere Entwicklung von Störungen des Bisses oder des Gebisses, der Sprechstörungen oder der Verformungen des Gesichts gehemmt werden.
Orthodontische Prophylaxe soll bei Kindern gleich nach dem Geburt anfangen – die korrekte Entwicklung des Sprechens und des Kauapparats hängt von u. a. Stillen oder von der Hilfe für das Kind, damit es in der korrekten Lage schläft. Es ist auch wichtig, dass das Kind den Schnuller früh aufgibt (am besten – vor dem Wachsen der ersten Milchzähne). Ungesunde Gewohnheiten, wie das Daumenkauen, das Kauen der eigenen Lippen oder das Beißen der Fingernägel kann auch zur Aneignung der Störungen des Bisses beitragen.
Der nächste Schritt ist Sorge um die Milchzähne. Karies der Milchzähne oder fehlende Zähne führen oft zu Fehlern des Bisses. Dies kann auch durch mechanische Schäden der Zähne verursacht werden. Früher Verlust der Milchzähne soll auch für Eltern ein wichtiges Zeichen sein. Bei Vorschulkindern (vier Jahre oder weniger) können Störungen des Bisses auch Störungen der Sprachentwicklung nach sich ziehen – in einem solchen Fall können Sprachtherapie und ein herausnehmbares orthodontisches Gerät eingesetzt werden.
Eltern sollen in vielen Fällen sichtbare Störungen selbst sehen (z. B. ein hervorstehender oder zurück gezogener Unterkiefer), Fehler der Aussprache oder des Atmens (z. B. Mundatmen). Alle diese Warnzeichen sollen eine Besprechung beim Kieferorthopäden nach sich ziehen, wobei der Facharzt die Art der Störung erkennt und über die Behandlungsmethode entscheidet. Der Kieferorthopäde kann aber auch Störungen entdecken, die mit dem bloßen Auge nicht zu sehen sind, und hemmt ihre weitere Entwicklung.